Las relaciones diplomáticas entre los dos países se establecieron por el Tratado de Amistad, Comercio y Navegación, firmado en Washington el 25 de mayo de 1908. Fueron temporalmente interrumpidas en enero de 1942 como consecuencia de la Segunda Guerra Mundial y se restablecieron en mayo de 1954.
En el año 2018 se celebraron los 110 años del establecimiento de las relaciones bilaterales.
A partir de los valores compartidos de respeto a las instituciones democráticas, la libertad y el Estado de derecho, Colombia y Japón tienen actualmente una relación bilateral diversa, fluida y de confianza mutua.
En particular, vale la pena resaltar el mantenimiento de reuniones periódicas de consultas políticas, la diversificación de la cooperación y el crecimiento de los intercambios educativos.
La relación entre los dos países se ha visto enriquecida recientemente por encuentros de alto nivel en diversos escenarios:
Diciembre 19, 2018. Visita oficial del Ministro de Relaciones Exteriores Carlos Holmes Trujillo a Tokio: reuniones con el Canciller Taro Kono, y miembros de Liga Parlamentaria de Amistad Japón Colombia.
Agosto 16, 2018: Visita oficial del Ministro de Relaciones Exteriores Taro Kono a Bogotá: reuniones con el Presidente Iván Duque Márquez y el Canciller Carlos Holmes Trujillo.
Agosto 7, 2018: Posesión Presidencial: enviado especial del Primer Ministro, Shunichi Yamaguchi, Presidente de la Liga Parlamentaria de Amistad Colombia- Japón. Reuniones con la Señora Vicepresidente Marta Lucía Ramírez y el Canciller Carlos Holmes Trujillo.
